生物有机肥改善作物农艺性状、使作物茎杆粗壮，叶色浓绿，开花提前，做果***，果实商品性好，提早上市时间。增强作物抗病性和抗逆性、 减轻作物因连作造成的病害和土传病害，降低发病率；对花叶病、黑胫病、炭疽病等的***都有较好的效果，微生物菌肥厂家，同时增强作物对不良环境的综合防御能力。
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有机肥料与化学肥料相配合施用，可以取长补短、缓急相济。有机肥料本来就有的改良土壤、培肥地力，增加产量和改善品质等作用，与化肥配合施用后，这些作用得到了进一步的提高。自从在农业生产中使用化肥以来，有机肥与化肥配合施用就已经客观存在，只是当时还处于盲目的配合，还不够完善。70年代以来，中国化肥发展很快，微生物菌肥价格，经过许多科学工作者的研究和广大农民的实践，测土施肥、配方施肥等施肥方法相继在生产中推广应用，微生物菌肥生产，使有机、无机肥料配合施用更趋完善。
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二次陈化扩培法
此法相对于直接添加法的优点是：节省菌种成本。缺点是：需要通过实验确定特定微生物的添加量，同时增加了少许操作过程。一般建议添加量为直接添加法的20%或者以上，通过二次陈化法达到国家生物有机肥料NY884-2012标准。操作步骤如下：
湿度与温度控制：堆放发酵期间，应根据功能菌的生物学特性控制好湿度与温度，如果温度过高，应该降低堆放高度。
特定功能菌含量检测：堆放结束后，取样包装，送具有微生物检测能力的单位初检特定微生物菌含量能否达到NY884-2012标准，如果达到，即可以此方法制作生物有机肥。如果没有达到，增大特定功能菌添加量至直接添加法的40%后重新实验，直至成功。
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